Początki pisma były bardzo skromne. Myślnik Klerycki był publikowany od 1994 r. jako pismo wewnątrzseminaryjne. Pierwsze trzy numery były wydawane w większym formacie. Dopiero od 4 numeru, wydanego jako numer na inauguracje roku akademickiego 1995/1996 przyjęto format zeszytowy A5 i do tego formatu przez ostatnich kilka lat mogliśmy przywyknąć. Później, w latach 1999 – 2001, powrócono do wydawania pisma w formacie B5 (do którego powróciliśmy przy okazji 50 – tego jubileuszowego wydania Myślnika).
Ta wewnątrzwspólnotowa gazetka przechodziła już u początku burze odnośnie swojej nazwy. Pojawiła się inicjatywa zmiany tytułu Myślnika Kleryckiego na T.A.K. – Twój Ambitny Kurier. Na szczęście nazwa nie została zmieniona i nadal nasze pismo wydawane jest pod pierwotną, tradycyjną i już ugruntowaną nazwą. Pierwsze numery drukowane były w odcieniach bieli i czerni, zaś pierwsza kolorowa okładka pojawiła się dopiero w 2000 r. Od 2013 roku – precyzując od wydania jubileuszowego – cały Myślnik drukowany jest w kolorze.
Pierwsze numery pojawiały się bardzo nieregularnie, dziś staramy się, aby Myślnik był wydawany przy okazji następujących uroczystości:
1. numer zimowy – na seminaryjne uroczystości odpustowe ku czci Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, rozprowadzany w parafiach w okresie bożonarodzeniowej przerwy świątecznej;
2. numer wiosenny – wydany i rozprowadzany w okresie Świąt Wielkanocnych,
3. numer wakacyjny – wydawany na uroczystości święceń prezbiteratu i diakonatu, a rozprowadzany przez kleryków w okresie wakacji.
Z biegiem czasu zmieniał się nie tylko format, ale i nakład naszego pisma. Kiedy przeznaczone było ono wyłącznie dla przełożonych, wykładowców i kleryków osiągało nakład 100 egzemplarzy. Dzisiaj nasz nakład ustabilizował się na poziomie 1200 sztuk, choć bywały numery, które zostały rozprowadzone nawet w liczbie 1500 egzemplarzy. Pismo można nabyć za dowolną ofiarę w parafiach Diecezji Elbląskiej, z których pochodzą autorzy artykułów. Jest to około 15 parafii. Ofiary, które zostają zebrane podczas sprzedaży przeznaczone są w większości na pokrycie kosztów wydruku i wsparcie akcji charytatywnych, bądź innych działań wewnątrzseminaryjnych.
Praca redakcyjna buduje więzy między członkami redakcji i współpracownikami piszącymi artykuły, bądź w jakikolwiek inny sposób przyczyniają się do powstania kolejnych numerów Myślnika Kleryckiego. Uczy nas odpowiedzialności, pozwala rozwijać swoje zainteresowania i wiedzę. Myślnik został założony przez kleryków i wyłącznie dzięki ich aktywności, w przeszłości jak i dzisiaj, mogą być wydawane kolejne numery. Jesteśmy bardzo wdzięczni naszym poprzednikom i zapewniamy ich o naszej modlitwie.