Wspólnota Kościoła lokalnego, świadoma potrzeby formacji człowieka w ogóle, a nade wszystko formacji uczniów Chrystusa, którzy w przyszłości, jako kapłani staną się przewodnikami wspólnot i grup kościelnych oraz formatorami powierzonych im ludzi, powołuje do istnienia wyższe seminarium duchowne, które jako szkoła wyższa, jest miejscem integralnej formacji kandydatów do kapłaństwa. Tak dzieje się zazwyczaj, gdy powstaje nowy Kościół lokalny- nowa diecezja.
Tak stało się przed dwudziestu laty, pamiętnego roku 1992, gdy papież Jan Paweł II bullą „Totus Tuus Poloniae Populus” z dnia 25 marca dokonał nowego podziału administracyjnego Kościoła w Polsce i tym samym powołał do istnienia Diecezję Elbląską. Wówczas klerycy z terenu nowopowstałej diecezji, studiujący w seminariach w Olsztynie i Gdańsku wyrazili gotowość do kształcenia się dla Kościoła Elbląskiego. Dnia 1 października 1992 roku pierwszy Biskup Elbląski- ks. bp. dr Andrzej Śliwiński- wydał dekret erygujący Wyższe Seminarium Duchowne Diecezji Elbląskiej.
Kształcenie kleryków pozostawało nadal w seminarium w Olsztynie. Delegatem Biskupa Elbląskiego ds. kleryków w „Hosianum” został mianowany ks. Stefan Ewertowski, pełniący wówczas funkcję prefekta w seminarium w Olsztynie. Biskup Andrzej często wspominał, że bezpośrednim impulsem do podjęcia decyzji o utworzeniu seminarium była jego wizyta u ojca świętego Jana Pawła II. Papież zapytał wówczas Księdza Biskupa, czy utworzył już własne seminarium.
Kiedy Ks. Biskup przedstawił sytuację nowo powstałej diecezji, wówczas Ojciec Święty powiedział, by nie zwlekać z decyzją i tworzyć własne seminarium. Możliwości zorganizowania seminarium w diecezji stała się bardziej realna wiosną 1993 roku. Diecezja weszła w posiadanie ośrodka wczasowego w Mikoszewie oraz kompleksu budynków w Stagniewie. Warianty zorganizowania seminarium w Elblągu na bazie tych obiektów były rozważane z całą powagą. Ostatecznie Biskup Elbląski wystąpił do Rady Miasta Elbląga o przekazanie budynków zespołu fabrycznego przy ul. Bożego Ciała 10, znajdujących się tuż przy odzyskanym i wyremontowanym budynku, w którym mieściła się Szkoła Podstawowa św. Mikołaja.
Wraz z pozytywną decyzją Rady Miejskiej Elbląga o odstąpieniu budynków na rzecz diecezji, Biskup Elbląski, spotykając się z alumnami przy okazji święceń kapłańskich w Elblągu 5 czerwca 1993 prosił, aby alumni odpowiedzieli na pytanie: czy chcą pozostać w Olsztynie czy też w swoim seminarium w Elblągu, ale w gorszych warunkach? Alumni prawie jednogłośnie byli za przejściem do własnego seminarium. Po tym spotkaniu Biskup Elbląski powołał na stanowisko rektora seminarium ks. Stefana Ewertowskiego i powierzył mu troskę o zorganizowanie bazy lokalowej i dydaktycznej w Elblągu. Seminarium powoli zaczęło wpisywać się w dzieje diecezji oraz wojewódzkiego wówczas miasta Elbląga, które do 1993 roku nie miało wyższej uczelni. Przyszli kapłani mieli podejmować formację na tej ziemi, na której przyjdzie im żyć, budować kościoły i głosić naukę Chrystusa.
Zorganizowanie kompleksu dydaktyczno- formacyjnego oraz mieszkalnego polegało na adaptacji budynków fabrycznych przedwojennej firmy Zilgit und Lemke, produkującej przed II wojną światową wyroby metalowe oraz budynku Katolickiej Szkoły Podstawowej św. Mikołaja. Poprzedni użytkownik budynków- Elbląska Spółdzielnia Inwalidów Niewidomych „Elsin”- po wcześniejszej ekspertyzie ze względu na bardzo zły stan obiektów, postanowiła budynków nie remontować i je opuścić. Pomimo fatalnego stanu technicznego budynków udało się dzięki wsparciu Biskupa Elbląskiego, pomocy niemieckich fundacji katolickich Renovabis i Kirche in Not oraz pomocy ze strony kapłanów i wiernych diecezji, a także życzliwości władz Elbląga dokonać gruntownego remontu, modernizacji i adaptacji obiektów dla potrzeb seminarium duchownego. Wszystko tworzyliśmy od początku: kaplice, refektarz, pomieszczenia mieszkalne i biurowe, sale wykładowe, pomieszczenia biblioteczne. Trzeba było stworzyć od podstaw całe zaplecze materialne: wyposażyć pokoje, kuchnię i refektarz, zatroszczyć się o szaty, księgi i naczynia liturgiczne do kaplic.
Rok akademicki 1993/1994 miał się rozpocząć we wrześniu. Zajęte jednak były pomieszczenia w budynku szkoły podstawowej, która miała stanowić część dydaktyczną seminarium. Ostatecznie alumni przyjechali do seminarium 8 października 1993 roku. Starsi z nich zamieszkali w pomieszczeniach, w których mieściła się wcześniej administracja spółdzielni. Toalety i zbiorowa umywalnia mieściły się poza pokojami mieszkalnymi, w dawnej łazience pracowników zakładu. Alumni młodszych roczników zamieszkali po sześciu w salach dawnego budynku mieszkalnego. Aby umożliwić komunikację między budynkami, z pilśniowej dykty i odzyskanych desek została zbudowana przejściowa wiata, chroniąca przed deszczem i śniegiem.
W wyposażeniu sal pomagały parafie, a księża składali indywidualne ofiary. Radością był każdy ofiarowany obraz, ornat, naczynia kuchenne oraz płody rolne, zbierane wśród rolników diecezji dla seminarium najpierw przez ks. Arkadiusza Chojnackiego, proboszcza z Czernina, a następnie przez ks. Janusza Kiliana, który zarządzał gospodarstwem rolnym w Krupinie.
Nieustannie prowadzone były remonty, które często polegały na całkowitej rozbiórce i budowaniu nowych fundamentów oraz ścian. W pierwszym rzędzie wyremontowaliśmy pomieszczenia przeznaczone na kuchnię oraz refektarz. Następnie rozpoczął się remont części akademickiej, który trwał do 1996 roku. Położono nowe stropy, wybudowano ściany działowe pokoi alumnów, położono nowe tynki, zamontowano centralne ogrzewanie i nową instalację elektryczną. Każdy z czteroosobowych pokoi otrzymał nową łazienkę z prysznicem. W sumie, po wybudowaniu w 1997 roku łącznika, w którym na parterze znajduje się duża zakrystia i część biblioteki, w akademiku uzyskaliśmy 22 pokoje dla kleryków i dwa mieszkania dla przełożonych. Taki układ pozwolił na oddzielenie alumnów roku pierwszego, którzy od tej pory zamieszkali sami w budynku dydaktycznym. Celem tej częściowej separacji, było umożliwienie większej integracji i głębszego poznania się alumnów, rozpoczynających życie w seminarium. Po wyremontowaniu głównego holu budynku akademickiego rozpoczęliśmy remont pomieszczenia przeznaczonego na kaplicę seminaryjną pod wezwaniem św. Wojciecha, biskupa i męczennika, którą w dniu 17 listopada 1998 roku poświęcił ks. arcybiskup Józef Kowalczyk, Nuncjusz Apostolski w Polsce. Położenie nowej elewacji na najbardziej zniszczonej części seminarium zakończyło się w 1999 roku, a pod koniec roku 2000 został ułożony dziedziniec.
Kolejne prace remontowo- budowlane przypadają na czas od 2003 roku. Dokonaliśmy całkowitego remontu pomieszczeń rektoratu wraz z wymianą stolarki okiennej i drzwiowej, wymieniliśmy poszycie dachowe i okna w budynku dydaktycznym, wyremontowaliśmy dach nad kuchnią i budynkiem akademickim, uporządkowaliśmy teren rekreacyjny na zapleczu seminarium, wykonując mur, ścieżki spacerowe oraz boisko sportowe. Zwieńczeniem prac na terenie rekreacyjnym było poświęcenie kapliczki ku czci Najświętszej Maryi Panny Niepokalanie Poczętej- Patronki seminarium, którego dokonał ks. bp Jan Styrna 15 października 2009 roku. Autorem projektu kapliczki i figury Maryi Niepokalanej jest pan Zbigniew Babiński, plastyk współpracujący z naszym seminarium, który jest także autorem m.in. logo seminarium oraz wystroju wnętrz nowego budynku dydaktycznego.
W 2007 roku dokonaliśmy rewitalizacji zabytkowego budynku dydaktycznego, w którym na parterze mieści się biblioteka. Odzyskaliśmy także pomieszczenia piwniczne, które dzięki zabiegom rewitalizacyjnym stały się użyteczne. Magazyny biblioteczne zostały wyposażone w regały przesuwne w celu zwiększenia ich pojemności.
23 maja 2011 roku ks. bp Jan Styrna dokonał poświęcenia nowego budynku dydaktycznego. Do tej pory seminarium nie miało bowiem własnego pomieszczenia poza kaplicą i refektarzem, w którym zmieściliby się wszyscy alumni. Projekt rozbudowy infrastruktury dydaktycznej doczekał się istotnego dofinansowania ze strony Urzędu Marszałkowskiego Województwa Warmińsko- Mazurskiego w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Warmia i Mazury 2007-2013. Dzięki temu seminarium wzbogaciło swoją bazę dydaktyczną o nowoczesną aulę oraz potrzebne sale, takie jak: komputerowa, historyczno- muzealna, muzyczna, rekreacyjna, siłownia i inne. Od roku 2015 przeprowadzamy regularne remonty. Udało się odświeżyć pomieszczenia kuchenne, kaplicę oraz pokoje kleryków i moderatorów. W 2020 roku dokonaliśmy remontu korytarzy w budynku północnym.