Pamiętnego roku 1992, gdy papież Jan Paweł II bullą „Totus Tuus Poloniae Populus” z dnia 25 marca dokonał nowego podziału administracyjnego Kościoła w Polsce i tym samym powołał do istnienia Diecezję Elbląską. Wówczas klerycy z terenu nowopowstałej diecezji, studiujący w seminariach w Olsztynie i Gdańsku wyrazili gotowość do kształcenia się dla Kościoła Elbląskiego. Dnia 1 października 1992 roku pierwszy Biskup Elbląski- ks. bp. dr Andrzej Śliwiński- wydał dekret erygujący Wyższe Seminarium Duchowne Diecezji Elbląskiej.
„Seminarium to określony czas i miejsce, ale to przede wszystkim wspólnota wychowawcza w drodze.” Jan Paweł II
Słowo „seminarium”znaczy tyle, co „szkółka roślin, drzew”, a swoją etymologię ma w łacińskim słowie semen – nasienie, latorośl. Tak też jest w rzeczywistości. Nasieniem jest powołanie. Przez sześć lat pielęgnowane, podlewane, przycinane, aby stać się pięknym kwiatem. Opiekuje się nami pięciu moderatorów. Ksiądz rektor, Ksiądz wicerektor, a także ksiądz dyrektor administracyjny, który troszczy się oto, by w seminarium było jak w domu. Nad rozwojem naszego życia wewnętrznego czuwa dwóch ojców duchownych. O rozwój naszego intelektu odpowiedzialni są wykładowcy: księża i świeccy, którzy systematycznie sprawdzają efekty swojej i naszej pracy poprzez zaliczenia i egzaminy. Każdy semestr kończy się u nas tak samo jak na innych świeckich uczelniach – sesją egzaminacyjną.