Pamiętnego roku 1992, gdy papież Jan Paweł II bullą „Totus Tuus Poloniae Populus” z dnia 25 marca dokonał nowego podziału administracyjnego Kościoła w Polsce i tym samym powołał do istnienia Diecezję Elbląską. Wówczas klerycy z terenu nowopowstałej diecezji, studiujący w seminariach w Olsztynie i Gdańsku wyrazili gotowość do kształcenia się dla Kościoła Elbląskiego. Dnia 1 października 1992 roku pierwszy Biskup Elbląski- ks. bp. dr Andrzej Śliwiński- wydał dekret erygujący Wyższe Seminarium Duchowne Diecezji Elbląskiej.
Seminarium to miejsce modlitwy, nauki, zdobywania doświadczeń i czas wszechstronnego rozwoju.
Nie jest to tylko zwykła uczelnia wyższa. Aby zostać przyjętym do seminarium, trzeba najpierw przejść pozytywnie weryfikację powołania polegającą na odbyciu egzaminu wstępnego. Jest to też czas na kolejne pytania i odpowiedzi. Patrząc z zewnątrz to grupa kilkudziesięciu młodych ludzi – kleryków oraz moderatorów i profesorów.to czas rozwoju duchowego. Celem formacji duchowej jest związanie życia osobistego każdego z kleryków, z Mistrzem – Jezusem Chrystusem. Służą temu: codzienna Eucharystia, adoracja Najświętszego Sakramentu, częsty sakrament pokuty, comiesięczne dni skupienia (dzień odnowy duchowej i pogłębienia życia wspólnotowego), codzienna medytacja Pisma Świętego i modlitwy wspólnotowe, czytanie duchowne, studium filozofii i teologii oraz osobista modlitwa. Nad tą formacją czuwają przede wszystkim ojcowie duchowni (kierownicy w powołaniu) i spowiednicy.