Pamiętnego roku 1992, gdy papież Jan Paweł II bullą „Totus Tuus Poloniae Populus” z dnia 25 marca dokonał nowego podziału administracyjnego Kościoła w Polsce i tym samym powołał do istnienia Diecezję Elbląską. Wówczas klerycy z terenu nowopowstałej diecezji, studiujący w seminariach w Olsztynie i Gdańsku wyrazili gotowość do kształcenia się dla Kościoła Elbląskiego. Dnia 1 października 1992 roku pierwszy Biskup Elbląski- ks. bp. dr Andrzej Śliwiński- wydał dekret erygujący Wyższe Seminarium Duchowne Diecezji Elbląskiej.
W dążeniu do podstawowego celu – kapłaństwa jest kilka „stacji”.
Na trzecim roku studiów klerycy zostają obłóczeni w sutanny, a także wprowadzeni w posługę lektora – posługę stołu Słowa Bożego. Na czwartym roku w posługę akolity – posługę stołu Eucharystii. Na końcu roku piątego mają miejsce święcenia diakonatu. Zwieńczeniem drogi są święcenia kapłańskie. Nowo wyświęceni kapłani wyruszają do ludzi, aby nieść Dobrą Nowinę.
