Pamiętnego roku 1992, gdy papież Jan Paweł II bullą „Totus Tuus Poloniae Populus” z dnia 25 marca dokonał nowego podziału administracyjnego Kościoła w Polsce i tym samym powołał do istnienia Diecezję Elbląską. Wówczas klerycy z terenu nowopowstałej diecezji, studiujący w seminariach w Olsztynie i Gdańsku wyrazili gotowość do kształcenia się dla Kościoła Elbląskiego. Dnia 1 października 1992 roku pierwszy Biskup Elbląski- ks. bp. dr Andrzej Śliwiński- wydał dekret erygujący Wyższe Seminarium Duchowne Diecezji Elbląskiej.
Bez osiągnięcia dojrzałego człowieczeństwa nie może być mowy o
dojrzałym chrześcijaństwie i kapłaństwie. Rozwojowi cech ludzkich sprzyja przede wszystkim włączenie się w podstawowe formy życia seminaryjnego, wyznaczone przez plan dnia i cały regulamin, przez życie wspólnotowe, zwłaszcza w pokojach i na własnym roczniku. Zrozumienie swojej emocjonalności, kierowanie nią, zrozumienie drugiego człowieka, spontaniczna pomoc drugiemu, umiejętność słuchania i kontaktu z innymi, umiejętność uzgadniania własnego zdania o sobie z opiniami innych, wyzbycie się własnego egoizmu – są zadaniami codziennego życia seminaryjnego.
Ogromnym polem popisu jest kilkanaście grup kleryckich. Są wśród nich m.in. Koło Powołaniowe, Koło Caritas, Krąg Harcerski, Redakcja „Myślnika kleryckiego”, zespół muzyczny, sekcja sportowa i inne. Klerycy mają dostęp do sali gimnastycznej, boiska sportowego i basenu. Każdy ma możliwość rozwoju własnych zainteresowań.
