Pamiętnego roku 1992, gdy papież Jan Paweł II bullą „Totus Tuus Poloniae Populus” z dnia 25 marca dokonał nowego podziału administracyjnego Kościoła w Polsce i tym samym powołał do istnienia Diecezję Elbląską. Wówczas klerycy z terenu nowopowstałej diecezji, studiujący w seminariach w Olsztynie i Gdańsku wyrazili gotowość do kształcenia się dla Kościoła Elbląskiego. Dnia 1 października 1992 roku pierwszy Biskup Elbląski- ks. bp. dr Andrzej Śliwiński- wydał dekret erygujący Wyższe Seminarium Duchowne Diecezji Elbląskiej.
Przygotowując się do pełnienia odpowiedzialnych funkcji w służbie Kościoła, klerycy zdobywają szeroką wiedzę z zakresu filozofii (2 lata) i teologii (4 lata). Możliwością poszerzenia wykładów są konferencje naukowe organizowane na miejscu, wyjazdowe kursy dokształcające, spotkania z ludźmi znanymi i cenionymi w życiu Kościoła. Pomocą służą także szerokie zbiory biblioteczne naszej biblioteki, które wynoszą obecnie 27 tys. woluminów. Studia kończą się obroną pracy magisterskiej. Seminarium to także formacja pastoralna, czyli praktyczne przygotowanie do posługi słowa, ewangelizacji, liturgii i współpracy ze świeckimi. Klerycy uczą się pracy w duszpasterstwach specjalistycznych w ciągu roku akademickiego. Służą temu praktyki wakacyjne w środowiskach ludzi młodych, dzieci i starszych; wśród chorych, niepełnosprawnych, w ruchach katolickich i grupach rekolekcyjnych.
